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鑒于蛋白質相互作用的多樣性、動態性,因此,將免疫沉淀技術(Co-IP)和LC-MS有機結合,高通量、系統性的解析特定蛋白質的相互作用網絡,具有顯著的技術優勢,體現在:(1)能真正從系統學層面上解析蛋白質相互作用的復雜、動態網絡。免疫沉淀復合物通過LC-MS鑒定,至少能鑒定到幾百個蛋白質,排除一些非特異性的相互作用,至少能篩選出幾十到上百個潛在的、與目的蛋白相互作用分子。非常有利于系統理解特定蛋白質及其相互作用網絡與細胞生理功能的關系;
有助于快速鎖定相互作用目標分子。通過LC-MS的鑒定結果,能一目了然的明晰樣品到底有哪些蛋白質,看到了,就能更好的去選擇和驗證,方向更為明確,實驗成功率顯著提高;
研究方向和目標更具系統性。因為通過一次LC-MS實驗,至少能鑒定幾十個潛在的、與目的蛋白相互作用的分子,建立屬于自己的、獨有的相互作用數據庫。分別對這些潛在的相互作用進行深入的生物學功能實驗分析,能發表一系列連續的學術文章,使研究者的成果更為系統。
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