我們的身體具有非凡之力,能夠記住過去所遇到過的過敏原、病原體、傷口和刺激物,并于再次遇到該事件時作出更迅速的反應。這種突出的敏感性也有助于我們應對新的威脅。盡管保持著這種警備狀態能夠增強我們對病原體的抵抗力,但這種記憶也可能是適應不良狀態的,并導致慢性炎癥性疾病和癌癥。隨著我們生活中新的病原體、過敏原和污染物的不斷出現,揭示這些現象分子基礎的緊迫性已經上升到了新的高度。本文作者回顧了自2007年以來,炎癥記憶領域是如何發展的,當時研究人員意識到非特異性記憶包含在細胞核中并在表觀遺傳水平傳播。這篇文章也回顧了最近的一系列新發現,這些發現揭示了記憶不僅僅是免疫系統的特權,而且還延伸到了皮膚、肺、腸和胰腺的上皮以及神經元等。盡管炎癥的表觀遺傳記憶仍在研究中,但現在已經發現,其與可能的大腦疾病(如阿爾茨海默病)和癌癥風險的升高有關。本篇綜述中,作者思考并總結了這些表觀遺傳記憶的優點和缺點以及它對人類健康和疾病的影響。
炎癥和組織記憶概述
我們組織中的短壽命和長壽命細胞感知并響應炎癥、代謝和微生物的刺激等,即使在初次刺激消失后也能保持警覺狀態。激活的細胞能夠更迅速的對次級觸發器作出反應,提供抗病原體和促進修復功能。但是這種情況如果不加以控制,那么這些被激活的細胞就會加劇炎癥病變并導致癌癥發生。
Fig1 炎癥和組織記憶概述
記憶機制
在初級刺激之后,位于關鍵炎癥記憶基因遠端(增強子)區域內的一組應激反應位點“記憶域”被打開。通過刺激特異性轉錄因子(TFs, transcription factors),使其有能力識別并結合到其他封閉的染色質中的基序上,從而實現可訪問性。一旦記憶域可以訪問,廣泛的應激反應TF FOS與其他AP-1家族成員(如JUN)異源二聚化,并與幾個在這些域內也具有結合基序的穩態TF一起獲得訪問權限。在這個炎癥階段,某些免疫引發的長非編碼RNAs(IncRNAs)被轉錄,與中介體復合物(Med)結合,Med在拓撲學上將刺激激活增強子與它們的基因啟動子結合起來,從而啟動RNA聚合酶Ⅱ(Pol Ⅱ)介導的轉錄。TFs和 IncRNAs 都可以結合并招募組蛋白修飾物,特別是增強子上的 H3K4me1和啟動子上的 H3K4me3。一旦炎癥和壓力消退,刺激特異性TF、 FOS和 IncRNA表達減弱,穩態TF和這些組蛋白修飾使得記憶相關基因保持啟動狀態,但在很大程度上是轉錄惰性的。在這種開放的記憶狀態下,由各種壓力激活的TF FOS 可以獨立于染色質開放的“先驅樣因子”運行,以快速調用記憶相關基因的記憶相關轉錄(Ac, acetylation乙酰化; Me, methylation甲基化)。
Fig2 記憶機制
在過去的5年里,我們開始認識到組織內的長壽細胞會記住它們的經歷,并能以對宿主有益(抗病原體和促進修復)或有害(炎癥和癌癥)的方式利用這些記憶(圖1)。因此,通過長壽細胞調整組織反應的能力可能有希望成為減輕疾病的安全手段。然而,操縱細胞記憶,需要類似于人類細胞圖譜,即在不同的人類細胞類型和各種刺激后有詳細的特定背景記憶圖。
組織是上皮細胞、間質細胞、內皮細胞、神經細胞、免疫細胞、微生物和其他細胞的復合體,它們共同經歷著健康和疾病的整個過程。盡管對個別細胞類型的記憶進行了研究,目前主要集中在長壽的免疫細胞和上皮細胞上,但對特定組織內不同細胞對炎癥反應的相對貢獻和聯合作用還不清楚。此外,值得注意的是:母體腸道微生物群的失調、懷孕期間感染、飲食改變或壓力所導致的炎癥環境改變,可能會在成長中的胎兒體內引發表觀遺傳記憶,也可能是影響后代大腦發育和神經元行為的系統信號。像許多組織干細胞一樣,神經元的長壽命使其成為長期儲存表觀遺傳記憶的理想細胞,可能與小膠質細胞合作,大腦的常駐巨噬細胞被證實會對來自腸道微生物群的信號作出反應。事實上,最近的一項研究發現,島狀皮層的神經元能夠記住腸道炎癥,當選擇性地重新激活時,足以引發炎癥。在未來,這一領域的進展將是有趣的,特別是有越來越多的證據表明阿爾茨海默病與炎癥和小膠質細胞間功能紊亂有關。
許多小鼠實驗主要采用組織損傷模型對炎癥記憶進行驗證,將抗病原體、炎癥反應和修復程序聯系起來。然而,組織損傷和隨后的修復是個復雜的過程,其中受損誘導的反應所引起的組織記憶可能是廣泛的生理適應的基礎。利用這種復雜性,最近有研究發現在皮膚創傷后,被誘導的上皮干細胞積累并保留了不同的表觀遺傳記憶,這些記憶共同提高了它們的功能和修復能力(細胞的可塑性、傷口修復和感染防護)。
我們一生中,身體會經常暴露在大量不同的炎癥和傷害誘發因子之下,這使得我們在人類生理學背景下加深了對表觀遺傳記憶,以及不同細胞角色壽命的理解。因此,除了上皮干細胞之外,其他細胞類型是否同樣儲存了它們獨特的經驗記憶,如果是的話,它們是否也能有選擇地使用記憶來適應新的挑戰。但是存在一個關鍵的問題:雖然累積性記憶對增強機體健康有著不少的吸引力,但多樣化和累積性記憶也有可能造成不良的后果,如慢性炎癥性疾病和癌癥。在未來,了解不同的記憶是如何被分割和有選擇地回憶,可能會為今后開發利用好記憶和清除壞記憶的治療策略提供有價值的突破口。
最后,盡管這一領域的研究激增,但關于我們組織的長壽細胞在遭遇壓力時獲得的表觀遺傳記憶,仍有許多東西有待研究。考慮到氣候變化(如污染)和新的病原體(如過敏原)使我們會面對的誘發因子發生了巨大的變化,而解讀環境記憶的細節,能夠使我們深入地了解在提高組織適應性和慢性疾病易感性之間的進化權衡。